Der personelle Aderlass bei der „Zweiten“ setzte sich auch zur Saison 2012/2013 fort. Langjährige Leistungsträger und Stammkräfte wie Gerd Uhland, Daniel Barth oder Michael Stiefel standen gar nicht mehr bzw. nur noch stark eingeschränkt zur Verfügung, gleichzeitig rückten Spieler wie Tobias Mader, Armin Mader oder Michael Gühring vermehrt in den Kader der 1. Mannschaft. Hinzu kam, dass Trainer-Guru Bernd Göckel aus beruflichen Gründen deutlich kürzertreten musste. So war es von Beginn an klar, dass es wieder eine schwierige Saison werden wird. Michael Gühring und Tobias Mader übernahmen die Aufgaben Göckels und rekrutierten Woche für Woche den Kader. Da man junge, unerfahrene Spieler für eine Fußball-Karriere in der „Zweiten“ überzeugen konnte, musste man in der Vorrunde lediglich ein Spiel absagen, was angesichts der sehr dünnen Personaldecke als Erfolg gewertet werden konnte. Noch prekärer wurde die Lage allerdings nach der Winterpause, als mit Peter Mathes und Hagen Rätz weitere Stammspieler ersetzt werden mussten. Immerhin konnte man dank Jürgen Kögel auf eine Konstante im Tor der „Zweiten“ bauen. Dennoch ließ es sich leider nicht vermeiden, dass einige Spiele aufgrund von Spielermangel abgesagt werden mussten. Zudem wurden zwei Spiele vom Gegner und somit zu Gunsten des TSV abgesagt.
Alles in allem belegte die Reserve-Mannschaft am Ende den 13. und letzten Platz mit 10 Punkten und einem Torverhältnis von 17:74. In vielen Spielen verlor die Mannschaft nach couragierten und guten Auftritten nur knapp, auch weil die mangelnde Erfahrung in den einen oder anderen Momenten anzumerken war. Der TSV Mägerkingen ist dennoch sehr froh, im Gegensatz zu vielen anderen Vereinen überhaupt eine 2. Mannschaft stellen zu können, so dass jede gespielte Partie als Erfolg betrachtet werden kann! Außerdem haben über die 2. Mannschaft viele neue Gesichter den Weg auf die Dölle gefunden.
Von 14 möglichen Einsätzen absolvierten Routinier Nico Trumpf und Nachwuchshoffnung Timo Krohmer 13. Tobias Dreher, Heiko Müller sowie die Urgesteine Makram Chebili und Falk Smolny standen zwölf Mal auf dem Feld. „Dank“ der etwas weniger ausgeprägten Offensivqualitäten dürfen sich gleich vier Spieler über den Titel des Torschützenkönigs freuen: Süleyman Bulut, Michael Gühring, Julian Mader und Tobias Mader trafen je zwei Mal ins Schwarze.